Bowmore wurde 1779 durch David Simson gegründet. Seinen Namen hat die Brennerei durch die Stadt Bowmore. Bowmre war die erste legale Brennerei auf der Insel Islay. und auch eine der ältesten Schottlands. Wie viele schottische Brennereien gab es in der Vergangenheit viele Besitzerwechsel. Wärend des 2ten Weltkrieges war die Brennerei geschlossen. Die Gebäude wurden wärend dieser Zeit als Stützpunkt für Flugboote genutzt.
1994 wechselte die Brennerei abermals den Besitzer. Sie gehört seitdem zur japanischen Unternehmensgruppe Suntory.